از مجموعه‌ی مبحث مبادی‌پژوهی، فرع پنجم به بررسی نسبت و مناسبات مبادی علم با مسائل علم، به‌ویژه دانش اصول می‌پردازد. اینکه چه نسبتی بین مسئله و مبدأ وجود دارد و تعامل بین این دو مقوله چگونه است. چون فصل مستقلی راجع به مسئله‌پژوهی و مسائل علم اصول خواهیم داشت در اینجا طبعاً به تفصیل وارد مطلب نمی‌شویم.
در آغاز بحث نکته‌ای را تذکر می‌دهم، چون این مباحث بی‌پیشینه است و به ویژه بعضی از فصول آن منابع مستقیم ندارد و در بعضی از موضوعات گاهی ممکن است در حد یک مقاله هم مطلب مکتوبی پیدا نمی‌شود، این مطالب با تأمل و گاه با تتبع تنظیم و عرضه می‌شود.
فرع سوم) جایگاه مبادی‌پژوهی در ساختار علوم (مسئله‌ی اجزاء علوم)
فص اول) نظرات مطرح در باب مسئله‌ی أجزاء علوم
فص دو) نقد دو قول مشهور
فص سه) تبیین اصول چهارگانه‌ی نظریه‌ی تفصیل
* نکته: جزئیت دیگر عناصر رکنی علم
فرع دوم) مفهوم‌شناسی و تعریف مبــادی
فص دو) مبادی در علوم و آراء مختلف
فص سه) دسته‌بندی و نقد آراء درباره‌ی ماهیت و مؤلفه‌ها‌ی مبادی علوم
درآمد) سنت مدخل‌نگاری.
فرع یکم) سیر تاریخی ـ معرفتی تکون و تطور مبادی‌پژوهی در آثار اصحاب اصول.
پیشینه‌ی مبادی‌پژوهی در اصول.
ابتکار تفکیک مبادی اصول از مسائل آن.
ساختار محورهای طرح‌واره‌ی فلسفه‌ی اصول فقه.
فرع یکم) بایستگی‌های تأسیس فلسفه‌ی اصول فقه
یک) ورود اشکالات عدیده بر مبادی‌پژوهی اصولیان. • عذر قصور سلف.
دو) ظرفیت دانش اصول برای تفکیک و تاسیس فلسفه‌ی اصول.
سه) مبانی بعیده را مبادی علم انگاشتن.
چهار) تقویت امکان کاربست واقع‌بینانه‌ی دانش اصول.
پنج) لزوم تحصیل اشراف بر محاسن و معایب اصول.
شش) وابستگی اجتهاد، به اجتهاد در مبادی.
تقسیمات فلسفه‌های مضاف
” وَ ما کُنَّا مُعَذِّبِینَ حَتَّى نَبْعَثَ رَسُولًا”. از ظاهر سیاقى که در این آیه و آیات قبل و بعد دارد بر مىآید که مراد از ” تعذیب” تعذیب دنیوى و عقوبت استیصال باشد، و مؤید این احتمال سیاق نفى در “ما کُنَّا مُعَذِّبِینَ” است، زیرا فرق است در اینکه گفته شود: “لسنا معذبین” یا “لا نعذب” یا “لن نعذب” و یا اینکه گفته شود: “ما کُنَّا مُعَذِّبِینَ” که در سه تعبیر اول، تنها نفى عذاب را مىرساند، و در تعبیر چهارم استمرار نفى آن در گذشته را افاده مىکند، و مىفهماند که سنت الهى جارى در امتهاى گذشته بر این بوده است که هیچ امتى را عذاب نمىکرد مگر بعد از آنکه رسولى به سویشان مىفرستاد و ایشان را از عذاب خدا مىترساند.