از مجموعه‌ی پانزده فصلی که در زمینه‌ی مبادی‌پژوهی پیش‌بینی کرده بودیم، عمده‌ی فصول مورد بحث قرار گرفت. اما در خلال فصل‌های بحث‌شده یکی دو فصل کوتاه را که منطقاً مقدم بر فصول بحث شده است، جا ماند یا پاره‌ای از آنها را به عنوان فصل مستقل ندیده بودیم و جا دارد که آنها را هم به اجمال عرض کنیم که ساختار مباحثی را که در حوزه‌ی مبادی‌پژوهی اصول گفته می‌شود را کامل کنیم.
اطلس تفکیک مبانی، مبادی و مسائل علم اصول و نیز بایستگی و بایسته‌های جایگزین‌سازی فلسفه‌ی اصول به جای مبادی‌پژوهی
فصلی که امروز بناست مطرح کنیم، نظر مختار و روش اجتهادی ما در خصوص تنسیق و تقسیم و طبقه‌بندی مبادی است. اجمالاً طبقه‌بندی مبادی را از دیدگاه اصحاب اصول در فصل یازدهم بررسی کردیم. اشکالاتی که بر شیوه‌ی ارائه‌ی در این حوزه وارد بود، مطرح شد و ملاحظه کردید که اشکالاتی عدیده‌ای بر مبادی‌پژوهی اصولیون وارد است. درخصوص این‌که به چه نحو و بر چه مبانی، می‌توان مبادی یک دانش از جمله علم اصول را به صورت عرضی تقسیم کرد و به صورت طولی و عمودی طبقه‌بندی کرد، امروز بحث می‌کنیم
فصل یازدهم روش‌شناسی تعریف و تشخیص مبانی، مبادی و مسائل علم و تفکیک آنها از یکدیگر است. یکی از مباحث بسیار پراهمیت این است که ما بدانیم مبانی یک علم چیست، مبادی آن کدام است و مسائل آن علم کدام‌ها هستند
فصل نهم درخصوص تقسیم و طبقه‌بندی مبادی اصول در آثار و آراء اصولیون است. این‌که مبادی را چگونه دسته‌بندی کنیم، دسته‌بندی عرضی و طبقه‌بندی طولی. به عبارتی ساختارشناسی مبادی را از دیدگاه اصولیون در این فصل بحث خواهیم کرد
درخصوص مسائل چهار تعریف وجود دارد که دو تعریف اصلی را عرض می‌کنیم
از دو طریق می‌توان نسبت میان مبادی و مسائل علوم و احیاناً مناسبات و تعاملاتی که بین مبادی و مسائل هست را کشف کرد،
در اینجا ما چند نکته را باید توجه داشته باشیم: اول این‌که مراد از نسبت و مناسبات مبادی و مسائل با یکدیگر چیست. ذیل این عنوان از چه چیزی می‌خواهیم بحث کنیم. دوم این‌که ما وقتی از نسبت‌سنجی بین مقولات و مطالبی بحث می‌کنیم براساس تلقی و نظر مختار بحث را تعقیب می‌کنیم. سوم این‌که با چه روش یا روش‌هایی می‌توان نسبت و مناسبات عناصر رکنی علوم را علی‌الاطلاق و دانش اصول را علی‌الخصوص کشف کرد. چگونه می‌شود نسبت و مناسبات عناصر رکنی، ازجمله مبحث نسبت مبادی با مسائل را کشف کرد. در خصوص اصل مسئله که مراد از نسبت و مناسبات مبادی با مسائل چیست،
از مجموعه‌ی مبحث مبادی‌پژوهی، فرع پنجم به بررسی نسبت و مناسبات مبادی علم با مسائل علم، به‌ویژه دانش اصول می‌پردازد. این‌که چه نسبتی بین مسئله و مبدأ وجود دارد و تعامل بین این دو مقوله چگونه است. چون فصل مستقلی راجع به مسئله‌پژوهی و مسائل علم اصول خواهیم داشت در اینجا طبعاً به تفصیل وارد مطلب نمی‌شویم.
در آغاز بحث نکته‌ای را تذکر می‌دهم، چون این مباحث بی‌پیشینه است و به ویژه بعضی از فصول آن منابع مستقیم ندارد و در بعضی از موضوعات گاهی ممکن است در حد یک مقاله هم مطلب مکتوبی پیدا نمی‌شود، این مطالب با تأمل و گاه با تتبع تنظیم و عرضه می‌شود.